--> حكمت متعاليه و عرفان ايشان از خاطرها زدوده شد و كسانى هم كه بعد از اين زمان با ايشان آشنا شدند ، ايشان را به عنوان يك فقيه و اصولى متبحر شناختند . در حالى كه ايشان پيش از اين دوران به عنوان مدرس كتب صدر المتألهين در حوزه شهرت داشته‌اند . در « آيينهء دانشوران » ضمن آنكه تدريس علوم عقلى در حوزهء علميهء قم در حدود سال 1311 ش . چنين توصيف شده كه محصلين بيشتر به فقه و اصول مىپردازند و بدين گونه علوم رغبتى ندارند ، از جملهء اساتيد معقول از حضرت امام نام برده شده است . ( ص 90 - 91 ) در همين كتاب در مورد خصوصيات حضرت امام در آن زمان چنين آمده است : وقت خويش را بيشتر به تعليم و تعلم كتب صدر المتألهين گزارده و در محضر آقا ميرزا محمد على شاه‌آبادى اشتغال به عرفان دارند و هم از حوزهء درس آية اللهى [ آيت اللَّه العظمى حائرى ] بهره‌مند مىشوند . ( همان ، ص 185 - 186 ) و در اضافاتى كه مؤلف در حدود سال 1340 ش . بر اين كتاب افزوده چنين آمده : از متخصصين علوم فلسفه و عرفان . . . . در روزگار تأليف اصل كتاب دانشمند عالى مقام حاج آقا روح اللَّه خمينى بودند . . . . ولى ايدون [ اكنون ] كه قريب سى سال از آن روزگار مىگذرد شهرت فقاهت حضرت معظم له عالمگير شده و از جملهء آيات اللَّه و مراجع تقليد شيعه بشمارند . ( همان ، ص 43 ) حضرت امام خود نيز در نامه‌اى به مؤلف كتاب بررسى و تحليلى از نهضت امام خمينى مىنويسند : اين جانب در زمانى كه ساكن مدرسهء دار الشفا بودم مدتها فلسفه تدريس مىكردم و در سنهء 1348 ق . [ 1308 ش ] به واسطهء تأهل از مدرسه خارج شدم . ( صحيفهء امام ، ج 3 ، ص 183 ) يكى ديگر از اسنادى كه اين مطلب را تأييد مىكند دو اجازه‌نامهء عرفانى است كه حضرت امام به دو نفر از شاگردان فلسفه و عرفان خويش در سالهاى 1314 و 1317 ش . داده‌اند و در نامهء اول چنين آمده است : « فإنّى و لعمر الحبيب مع أنّه لست من أهل العلم و طلّابه ، قد ألقيت إليه ما عندى من مهمّات اصول الفلسفة الإلهية المتعالية و شطراً ممّا استفدتُ من المشايخ العظام - ادام اللَّه ظلهم - و كتب أرباب المعرفة و أصحاب القلوب - رضوان اللَّه عليهم - و قد بلغ به حمد اللَّه تعالى مرتبة العلم و العرفان » . همچنين در نامهء دوم مكتوب كرده‌اند : « فإنّى قد ألقيت فى روعه امّهات ما عندى من اصول الفلسفة المتعالية و شطراً وافراً ممّا تلقّيتُ عن المشايخ العظام و صحف أرباب المعارف ، فقد بلغ به حمد اللَّه فوق المراد » . آنچه از اين دو نامه به وضوح برمىآيد آن است كه ايشان مقدار قابل توجهى از حكمت متعاليه و نيز برخى از كتب عرفانى مانند فصوص ، كه تقريباً در سال 1310 ش . نزد مرحوم شاه‌آبادى به اتمام رسانده بودند را تدريس فرموده‌اند . در اينجا اشاره به بخشى از گفتگوى يكى از نشريات فرهنگى با مرحوم آيت اللَّه حاج شيخ مهدى حائرى يزدى كه حاوى نكات ارزنده‌اى پيرامون دروس و مذاق فلسفى حضرت امام است ، خالى از لطف نيست : . . . . . چون آن وقت اين چيزها در حوزه تعليم و تعلمش رسماً رايج نبود ، آقاى خمينى خصوصاً و اختصاصاً در منزل خودشان به من درس مىدادند و گاهى هم در مدرسهء دار الشفا . بنده يك دوره كامل منظومه پيش ايشان خواندم . . . . . به استثناى فلكيات منظومه . فلكيات را ايشان گفتند كه اباطيل است و فلكيات جديد با اينها قابل مقايسه نيست . . . . آقاى خمينى مىگفتند اسفار را نخوانده‌اند ، اما آن را با ميرزا خليل كمره‌اى مباحثه كرده‌اند و لذا به نظر من ، درس اسفار ايشان خيلى سنتى نبود تا بتوان گفت سلسله سند ايشان در تعليم اسفار به صدر المتألهين مىرسد . هر چه بود حدّت و جودت فهم خود ايشان بود كه مىتوانست از عهدهء تدريس اسفار برآيد ؛ زيرا اين خصوصيت اسفار است كه سطح آن بسيار شيوا و روان است و ژرفاى فوق العاده پيچيده و پيل‌افكن دارد . شاهد راستين آن حواشى بعضى از محشين اسفار است كه نكات مخدوش و غير وارد به متن بسيار دارد . ايشان علاقه‌اى به فلاسفهء مشاء و منطق نداشت . درس اسفار ايشان بيشتر جاذبهء عرفان داشت ، عرفان هم پيش آقاى شاه‌آبادى به خوبى خوانده بودند و دائماً هم مشغول مطالعهء كتب ابن عربى و غيره بودند ؛ لذا به اسفار هم از نظر ابن عربى نگاه مىكردند ، نه از نظر ابن سينا و فارابى . به كلمات ابن سينا و فارابى كه مىرسيدند به كلى ناراحت مىشدند و با توان سرشار عرفانى از تنگناهاى فلسفه خارج مىشدند . روزى كه من ايرادى اظهار كردم ، ايشان در جواب گفتند : شما بايد از اين گونه سخنان ابن سينا استبراء شويد . بارى ، بعد از تمام شدن منظومه با دو سه نفر از رفقا . . . . پيش آقاى خمينى اسفار را شروع كرديم . ده سال طول كشيد كه اسفار را خوانديم . ( نامهء فرهنگ ، شمارهء 17 ، ص 104 - 105 ؛ پژوهشنامهء متين ، شمارهء 1 ، ص 384 ) .